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药物活性基团二氟甲基的最新研究进展2020-10-06

众所周知,氟元素在药物结构中普遍存在,具有特殊的生物学效应。在全球众多的上市药物中,含氟药物超过200个,约占到上市药物的25%,而且近10年含氟药物的数量上升了10%。在生物活性化合物中,氟原子取代氢原子是最常见的一价电子等排体替换方式。F与氢具有相似的原子半径(RH = 0.12nm,RF = 0.135nm),而且F是元素周期表中电负性最强的元素,用F替代部分H后往往影响生物相关性质,如代谢稳定性、碱性、形成氢键(HB)能力、亲脂性和生物利用度。

二氟甲基(CF2H)由于其独特的物理化学性质,具有一些独特的优势,近年来受到了人们的关注。特别是,相对于三氟甲基取代甲基时的亲脂性的急剧改变,当二氟甲基取代时,其亲脂性只是适度增加,同时它还可具有氢键供体的性质。有很多例子表明二氟甲基与靶点之间能够形成氢键,加强了药物分子与靶点的相互作用,因此,除了在大小上作为甲基的生物等排体外,通常被认为可能是羟基(OH)和巯基(SH)的亲脂生物等排体。“亲脂生物等排性”一词涉及到这样一个事实,即氟原子与氢的交换通常被认为会导致化合物亲脂性略有增加,每增加一个氟就会生成一个亲脂性更强的化合物。但例外情况是,CF2H替换CH3导致亲脂性低于预期的报道越来越多,尽管这一现象被认为主要适用于脂肪族化合物中的氟。因此,用“亲脂性氢键供体”或“亲脂性生物等排体”来描述CF2H基团,需要更系统和定量的研究。

图一

二氟甲基取代化合物研究实例

最近,以色列的Gershonov小组[1]报道了在芳烃、烷基、醚、硫醚、亚砜、砜等一系列分子(图一)中甲基、羟基或巯基被二氟甲基取代前后化合物的亲脂性(Log P,lipophilicity)和氢键酸性(A,分子作为氢键供体的能力) 变化,得出以下一些结论:(1)在所研究的化合物中,CF2H基团是相对较弱的HB供体。然而,不同FGCF2H化合物的A值(HB酸度)在0.035 ~ 0.165之间,在该范围内对FG有很强的依赖性。其中含有可形成分子内氢键的化合物9-14(图二),A值相对较低。(2)当FG为芳基或烷基时,FGCF2H化合物比对应的FGCH3亲脂性降低,因此,CF2H可能被认为是两类化合物中CH3亲脂性较弱的生物等排体。(3)FG为芳基或烷基中的FGCF2H化合物,与相应的FGSH化合物具有相似的亲脂性,因此可以认为CF2H是SH类似亲脂性的生物等排体。(4)FG为芳基或烷基时,FGCF2H化合物与相应的FGOH相比亲脂性更强,因此可以认为CF2H是OH亲脂性更强的生物等排体。(5)将亚砜和砜中的α位CH3的更换为CF2H后,尽管这个系列表现出最高的一个A值,即最强的酸性,同时也导致了亲脂性的急剧增加,这可能是由于化合物极性的降低以及所连接的SO或SO2基团氢键接受能力的降低,以及分子体积的增加而引起的。(6)在烷基醚中,CF2H替代氧原子α位置的甲基,会导致亲脂性大幅增加,可能是由于减少了这些化合物的氢键接受能力。

图二

这些发现将使氟化候选药物的学术设计成为可能,这些候选药物具有更好的代谢稳定性或结合亲和力,同时能够合理调节重要的药物特性。结合Gershonov小组之前的研究[2]及其他人的研究[3, 4]可以得出这样的结论:除了作为一个依赖于所连接的官能团的氢键供体,这个奇妙的基团(CF2H)还是调节分子亲脂性这一重要性质的、具有竞争力的影响因素,其他影响亲脂性的因素还有极性,氢键碱性以及分子体积等。因此,本研究对含该部分药物的合理设计具有一定的指导意义。

临床阶段含有二氟甲基的新药实例

目前为止,已经有8个含有二氟甲基的新药获批或处于临床实验阶段,下表列出了这些药物的具体信息。

参考文献:

1、 Zafrani, Y.; Sod-Moriah, G.; Yeffet, D.; Berliner, A.; Amir, D.; Marciano, D.; Elias, S.; Katalan, S.; Ashkenazi, N.; Madmon, M.; Gershonov, E.; Saphier, J. Med. Chem.2019, ASAP, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.9b00604

2、 Zafrani, Y.; Yeffet, D.; Sod-Moriah, G.; Berliner, A.; Amir, D.; Marciano, D.; Gershonov, E.; Saphier, J. Med. Chem. 2017, 60, 2, 797-804.

3、 Sessler, C. D.; Rahm, M.; Becker, S.; Goldberg, J. M.; Wang, F.; Lippard, S. J.J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 9325−9332.

4、 Thompson, S.; McMahon, S. A.; Naismith, J. H.; Bioorg. Chem. 2016, 64, 37-41.

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