苄氧羰基的脱除主要有以下几种方法：
1). 催化氢解；
2). 酸解裂解；
3). Na/NH3（液）还原。
一般而言目前实验室常用简洁的方法就是催化氢解， 但当分子中存在对催化氢解敏感或钝化的基团时，我们就必须采用化学方法如酸解裂解或Na/NH3（液）还原等。
催化氢解
催化氢解如下式所示。催化氢解的供氢体可以是H2、环己二烯、1，4-环己二烯、甲酸铵和甲酸等，以后四个为供氢体的反应又叫催化转氢反应，通常这比催化氢化反应更迅速。
催化剂主要用5-10%的钯-碳、10-20%的氢氧化钯-碳或钯-聚乙烯亚胺，钯-聚乙烯亚胺/甲酸对于除去Cbz要比前两者要好。当HBr/HOAc脱去Cbz保护基时，产物往往带又一点颜色，而且分解产生的溴化苄会产生一些副反应并难以除尽，而催化氢解多数能得到无色得产物。由于硫能使催化剂中毒，因此，含有胱氨酸、半胱氨酸等含硫的肽等N-苄氧羰基氨基衍生物一般不用催化氢解法脱除。一般溶剂可以用甲醇，乙醇，乙酸乙酯， 四氢呋喃等，在醇类质子溶剂中反应速度要快的多。
如果在Boc2O存在下用Pd/C进行氢化，则释放出的胺直接转变成Boc衍生物。而且这类反应往往要比不加Boc2O来的快，其主要由于氢解出来的胺往往会与贵金属有一定的络合，使催化剂的活性降低，和Boc2O反应为酰胺后则去除了这一效果。另外有时在氢解时加入适当的酸促进反应也是一样的道理，避免了生成的胺降低反应的活性。
另外当分子中有卤原子(Cl, Br, I)存在时，一般直接用Pd/C会造成脱卤的发生，一般这种情况下，使用PdCl2为催化剂，以乙酸乙酯或二氯甲烷为溶剂可较好的避免脱卤的发生。
用MeOH/DMF为溶剂时，在Cbz-赖氨酸衍生物氢化的过程中会生成N-甲基化的赖氨酸。使用氨为溶剂时，H2/Pd-C在-33℃下氢化，肽中的半胱氨酸或蛋氨酸单元不使催化剂毒化，此外，氨还会阻止BnO醚的还原，所以对Cbz可得到一些选择性。
酸解脱除
氨基甲酸苄酯在强酸性条件下容易去保护。HBr/HOAc 是酸解脱除苄氧羰基的最常用的试剂。脱除反应主要按下式进行。反应需要消耗2分子的HBr，Cbz的脱除速度随HBr浓度的增大而增大，因此实际上都是采用高浓度的过量HBr/HOAc溶液（1.2M-3.3M）以保证反应的完全。
含有丝氨酸和苏氨酸的肽或其它含羟基的氨基衍生物用HBr/HOAc脱除Cbz时会发生羟基的O-乙酰化反应。虽然O-乙酰基能用碱皂化或氨解脱去，但为了避免这个副反应，可以改用HBr/二氧六环或HBr/三氟乙酸来代替HBr/HOAc。由于HBr在三氟乙酸中的溶解度较小，因此不能预先制成HBr/三氟乙酸溶液，而只能将保护的肽或氨基衍生物溶于无水三氟乙酸中，先于0℃下通入干燥的HBr，待Cbz大部分脱除后，再室温通短时间以求完全脱除变化基。Cbz被HBr分解产生的溴化苄能同肽中的某种氨基酸反应，也是需要加以注意的。如，甲硫氨酸的硫原子能同溴化苄反应生成S-苄基甲硫氨酸，防止的办法是加入硫醚（CH3SC2H5）为捕捉剂。色氨酸被HBr/HOAc分解产生有色物质，防止的办法是加入亚磷酸二乙酯。硝基精氨酸会发生硝基的部分脱落，改用液体HBr于-67℃处理可以避免。
用液体HF在0℃处理10-30分钟即可将Cbz完全脱去。FSO3H、CH3SO3H、CF3SO3H和C6H5SCH3-TFA也是较好的试剂。Me3SiI在氯仿、乙腈中能于几分钟内选择性脱去Cbz和Boc保护基。对于BBr3/CH2Cl2而言，较大分子的肽的Cbz衍生物可在TFA中去除，因为肽在酸中的溶解度比在CH2Cl2中大。从肽中脱去Cbz，可在TFA中添加0.5 M 4-（甲硫基）苯酚或使用HF/Me2S/对甲苯酚（25:65:10,v/v）来抑制Bn+对芳香氨基酸的加成。
