分享一篇发表在JACS上的文章：Proteomic Ligandability Maps of Spirocycle Acrylamide Stereoprobes Identify Covalent ERCC3 Degraders，通讯作者是Scripps研究所的Benjamin Cravatt和Bruno Melillo两位教授。在这篇文章中，作者通过ABPP技术发现了ERCC3蛋白的一种共价降解剂。
ABPP技术可以通过与靶向亲核氨基酸的反应性小分子探针竞争来评估亲电化合物与蛋白质组的相互作用。在这些亲电化合物中，亲电立体探针具有位点特异性、立体选择性和用于细胞生物学研究的足够效力。因此，作者在这篇文章中对一组螺环丙烯酰胺立体探针进行了化学蛋白质组学分析。
作者首先合成了一组包含16个区域异构体和立体异构体的螺环丙烯酰胺库，并利用其中带有炔基的4个探针进行了凝胶-ABPP实验。与作者此前开发的氮杂环丁烷丙烯酰胺相比，螺环丙烯酰胺表现出更低的蛋白质组反应性，但可以观察到其与蛋白质组的相互作用具有立体选择性。
随后，作者对螺环丙烯酰胺探针进行了竞争性ABPP实验，利用碘乙酰胺脱硫生物素探针进行标记并利用TMT进行质谱定量。在结果中，有14个半胱氨酸残基被螺环丙烯酰胺立体选择性地结合。作者在NEK9和RAB30蛋白上证明了ABPP实验得到的螺环丙烯酰胺的位点选择性和立体选择性结果。
此外，作者还观察到在结果中，ERCC3蛋白在探针处理1 h后有ZL-14A的显著立体选择性富集，而在处理3 h后立体选择性却明显降低。作者猜测原因是螺环丙烯酰胺的共价反应导致ERCC3蛋白降解，并且通过Neddylation抑制剂和蛋白质点突变等方式证明了这个猜想。最后，作者还对螺环丙烯酰胺与一种天然产物雷公藤内酯能共价结合ERCC3上相同的半胱氨酸残基而具有不同功能的机制进行了研究。
总的来说，在本篇文章中作者通过ABPP技术对螺环丙烯酰胺立体探针进行了化学蛋白质组学分析，鉴定到了一种ERCC3蛋白的共价降解剂。
原文链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.3c13448
文章引用：10.1021/jacs.3c13448
