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Nat.Chem.Biol.丨线粒体融合小分子激动剂修复线粒体功能障碍2023-12-12
给大家介绍一篇发表在nature chemical biology上的文献“Small molecule agonist of mitochondrial fusion repairs mitochondrial dysfunction”。该文报道了一种小分子激动剂S89,通过靶向内源性MFN 1特异性促进线粒体融合。S89直接与MFN 1的螺旋束2结构域中的环区相互作用以刺激GTP水解和囊泡融合。GTP加载或S89的竞争使环从GTP酶结构域移出并解锁分子。S89通过增强内源性MFN 1来恢复由线粒体DNA突变、氧化应激诱导剂百草枯、铁细胞凋亡诱导剂RSL3或CMT2A引起的突变引起的线粒体和细胞缺陷。S89能有效消除缺血再灌注(I/R)诱导的线粒体损伤,保护小鼠心脏免受I/R损伤。这些结果揭示了MFN的启动机制,并提供了当额外的线粒体融合有益时线粒体疾病的治疗策略。

化合物S89(图a)能够快速挽救MFN 2敲除(KO)MEFs中的线粒体断裂(图b),并且该作用可通过洗脱化合物逆转,表明S89是线粒体融合的激动剂。缺失MFN(MFN 1 KO或MFN 2 KO)或两者(双敲除(DKO))会导致MEF中的线粒体断裂(图c)。如筛选中所见,当MFN 2缺陷时,加入S89有效地恢复线粒体形态。然而,在MFN 1 KO或MFN DKO细胞中均未出现这种情况(图c)。当将S89加入MFN 2 KO细胞中时,三磷酸腺苷(ATP)产量增加,但在MFN 1 KO或MFN DKO细胞中没有增加(图d)。只有当MFN 1存在时,S89才有效促进线粒体融合和功能。为了评价S89的药理学性质,测试了细胞摄取和衰减速率。S89的细胞摄取在约1 µM时有效,这相当于细胞处理1小时后同时测定的培养基中S89浓度(图e)。24小时后,处理细胞中的S89浓度维持在约0.6 µM,并逐渐下降(图e)。该化合物的半数最大有效浓度(EC50)估计为0.44 µM,当S89浓度为100 nM时,线粒体纵横比容易增加(图f)。值得注意的是,S89仅在浓度〉10 µM时(图g)或在20 µM下使用超过6小时时才引起细胞活力的可检测变化。这些结果表明S89具有合理的药理学性质。

 

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接下来,我们测试S89是否直接接合MFNl。当S89与纯化的MFN 1-MGD(包括G和HB 1结构域)一起孵育时,该蛋白的GTP酶活性没有改变(图a)。同样,MGD的核苷酸依赖性二聚化不受S89存在的影响。然后我们纯化了全长MFN 1,发现S89有效地将MFN 1的GTP水解加速了约2倍(图a)。人MFN 2的GTP酶活性比MFN 1弱得多(图a)。与细胞试验一致,S89不能影响MFN 2的活性(图a)。总之,这些结果表明MFN 1是S89的直接靶,但靶向区域可能在MGD之外。S89相互作用的候选区域在MGD和TM结构域之间,并且预测主要是螺旋(即HB 2),S89直接靶向MFN 1的HB 2中的环区。接下来,我们使用纯化的全长MFN 1通过微尺度热泳(MST)测试S89-MFN 1相互作用。测得这两种分子之间的亲和力约为6 μM(图b)。正如预期的那样,结构相似的化合物S3未显示出与MFN 1的相互作用(图b)。类似地,当MFN 1从细胞裂解物中沉淀出来并与这些小分子一起孵育时,高效液相色谱法(HPLC)检测到S89的保留,而不是S3。这些结果证实S89特异性地结合MFN 1。MST分析进一步证实,L1或L1-2对MGD的亲和力相似,约为1-2 μM(图c),这也相当于S89-MFN 1相互作用。总之,这些结果表明S89和G结构域共享HB 2环中的识别位点,即两个中心苯丙氨酸(Phe)残基。

 

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为了测试S89和G结构域是否竞争HB 2环相互作用,我们分析了在S89存在下的G-HB 2相互作用。在BLI中,当存在S89时,L1-2肽与MGD的缔合容易减少。通过基于荧光共振能量转移(FRET)的试验进一步评估竞争,其中G结构域用一种荧光团(G位点)标记,肽用另一种荧光团标记(图d)。MGD的标记是有效的,并且不改变GTP酶活性。提前检测了仅供体、仅受体和供体+受体的原始光谱。当G位点标记的MGD与标记的L1-2肽一起孵育时,FRET信号较高,然后当加入S89时,FRET信号显著降低(图e)。当在HB 1(HB位点)末端标记MGD时,除了FRET水平低于G位点外,获得了类似的结果,证实了肽可能附着于G结构域而不是HB 1。因此,S89似乎通过破坏HB 2环和G结构域之间的分子内缔合而变构解锁MFN 1。接下来,我们测试了MFN 1是否通过核苷酸加载而天然引发。当GTPγS(一种不可水解的GTP类似物)与MGD一起加入时,L1-2肽在BLI系统中吸引的MGD较少。一致的是,添加GTP或GTPγS(而非ATP)会立即减少MGD-肽与G位点或HB 1位点相互作用引起的FRET信号(图e)。这些结果表明GTP加载可以在解锁MFN 1中实现与S89类似的效果。值得注意的是,全长MFN 1的GTP水解被S89促进至与MGD相同的水平,其中不存在分子内锁定,表明S89可能通过克服分子内抑制而完全激活MFN 1(图h)。我们预期用Ala取代具有锁定能力的Phe将增强MFN 1的活性。与野生型相比,MFN 1 FF/AA突变体表现出更高的GTP酶活性(图g)和增加的融合活性(图f)。重要的是,突变体介导的融合不能被S89进一步增强(图f),因为S89不再与MFN 1结合。这些结果表明,S89的作用可通过G相互作用α8-α9环L1-2中的诱变解锁MFN 1进行表型复制(图 h)。

 

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我们测试了添加S89是否对线粒体损伤的细胞有益。线粒体肌病、脑病、乳酸酸中毒和卒中样发作(MELAS)综合征是由编码线粒体转移RNALeu(UUR)的线粒体基因A3243 G突变引起的,该突变导致线粒体能量产生缺陷和断裂。通过将野生型和A3243 G突变线粒体DNA转移到无人线粒体DNA的ρ°206细胞中,产生稳定的异质性MELAS样胞质杂种。在名为ρ°206_B的细胞系(含有约90%突变线粒体DNA)中,严重断裂(图a)伴随线粒体活性氧(ROS)水平升高(通过mitoSOX测定)(图b)和明显的线粒体去极化(通过膜电位敏感性MitoTracker橙子显示)(图c)。加入S89后,这些缺陷恢复到与ρ°206_A细胞相似的水平(线粒体DNA为100%野生型)(图a-c),并且有效地修复了ATP产生的缺陷(图d)。这些结果表明S89在MELAS样细胞环境中恢复线粒体相关功能障碍。已知化学毒素百草枯(PQ)会导致细胞内过氧化氢(H2 O2)蓄积和线粒体功能障碍。当U-2 OS细胞用浓度递增的PQ处理时,很容易检测到线粒体断裂(图e)。当同时加入S89时,细胞H2 O2和ROS的升高以及ATP产生的损失大大减轻(图e-h)。值得注意的是,即使S89挽救了线粒体的形态学缺陷,但由于PQ(1.5 mM)造成的损伤过多,功能损伤(去极化)无法挽救。关于S89的保护作用,S89的3小时工作窗口仍然很大(图i,j)。PQ或S89处理未影响线粒体重塑蛋白水平,证实S89对现有蛋白的作用。这些结果表明,S89可以快速有效地修复受损的线粒体。铁依赖性程序性细胞死亡的一种特殊形式–铁细胞凋亡与线粒体功能障碍有关。当GPX 4的抑制剂RSL 3诱导铁死亡时,我们测试了S89。通过碘化丙啶(PI)染色检测,S89共处理有效增加了细胞存活率。同时,S89可减少RSL 3引起的线粒体断裂和去极化(图l,m)。线粒体片段化(在4小时)比细胞死亡的起始(10-12小时)早得多。当在RSL 3处理后4-6小时加入S89时,由RSL 3引起的细胞死亡显著减少,但在RSL 3处理8小时后,S89对挽救细胞无效(图n)。综上所述,结果表明S89在修复线粒体损伤和预防药物诱导的铁蛋白沉着方面是有效的。

 

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最后,我们从两名携带显性MFN 2突变(R94 W或T105 M)的CMT 2A患者和两名健康亲属(作为对照)中产生诱导多能干细胞(iPSC)。在这些细胞中验证了突变和多能性。值得注意的是,在MFN 2突变的细胞中,内源性MFN 1水平升高,可能是由于代偿作用(图a)。这些iPSC然后分化成运动神经元,如通过已知的HB 9和ChAT标志物所证实的。野生型运动神经元形成具有几个突出轴突的细胞体簇,但源自患者细胞的神经元具有严重的轴突病(图b)。此外,患者细胞中的线粒体表现出缩短、缺乏嵴结构、轴突中密度和移动性降低以及高水平的去极化,所有这些都通过添加S89校正至接近对照细胞的水平(图c-f)。这些结果表明,S89可以逆转来源于CMT 2A患者的神经元细胞中的线粒体缺陷。

 

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在缺血/再灌注(I/R)期间,线粒体经历过度的碎片化和线粒体渗透性转变孔开放,产生功能障碍的线粒体并使心肌细胞倾向于程序性细胞死亡。因此,增强的线粒体融合预期在心脏I/R损伤中是有益的。为了检查S89在体内的心脏保护作用,我们在小鼠模型中在再灌注之前结扎心脏30分钟,并且在再灌注的同时在结扎周围的两个损伤区域处将S89注射到心脏中(图a)。S27,其非常类似于S89,但对线粒体融合没有影响,和盐水用作对照。I/R损伤后24小时,收获小鼠心脏并切成5个切片(图a)。采用氯化三苯基四氮唑(TTC)和伊文思蓝双重染色法评估心脏组织损伤程度(图 b)。对照组中容易观察到危险区域和梗死区域,但S89处理组中不常见(图b,c)。这些结果表明S89在小鼠I/R损伤期间提供了即时心脏治疗。接下来,我们分析了损伤后2周S89的作用,此时S89可能逐渐消失。值得注意的是,通过超声心动图(ECG)测量,S89处理保留了心脏功能(图d-f)。此外,Masson三色染色显示,S89减少了心脏中的瘢痕形成(图g,h)。心脏组织的电子显微镜分析显示,S89可有效防止I/R损伤诱导的线粒体断裂和肿胀(图i,j)。线粒体融合减少伴随着融合机制表达减少和Drp 1过度激活,通常通过S616磷酸化和/或S637去磷酸化。在对照处理的损伤心脏中,MFN 1/2和OPA 1(线粒体内膜融合原)水平降低,Drp 1 S637磷酸化水平也降低,这与线粒体断裂增加和线粒体健康缺陷一致。S89注射在很大程度上防止了这一点损伤后,线粒体融合蛋白和ATP合酶脂质结合蛋白Atp 5a的水平基本保持不变,尽管损伤诱导的Drp 1活化没有变化。最后,我们测试了S89是否对小鼠的一般健康状况有副作用。经S89浸泡的Matrigel注射液对体重无影响,生理盐水和S89处理小鼠的血液、肾脏和肝脏功能生化试验显示无明显差异。白色细胞和淋巴细胞计数以及IL-1β和IL-6水平轻微降低,这在小鼠注射小分子时常见。总之,这些结果表明S89治疗对心脏I/R损伤具有总体有益作用。

 

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本文发现可能会导致一种有效和安全的治疗线粒体相关疾病的方法,而不需要基因组编辑。S89可以快速恢复线粒体膜动力学的不平衡,其中融合减少或分裂增加,前提是存在功能性MFN 1。随后,对线粒体的损伤,包括膜电位、氧化还原稳态和ATP产生,可以被修复,阻断程序性细胞死亡,包括铁细胞凋亡和细胞凋亡。因为S89的作用是可逆的,所以当缺陷是遗传性的时,例如对于MELAS患者和CMT 2A患者,设想持续治疗是可行的。

本文作者:ZYL

责任编辑:FC

原文链接:https://doi.org/10.1038/s41589-022-01224-y

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