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Angew. Chem. :亚砜合成酶通过配体交换实现选择性碳-硫成键2023-01-07
麦角硫因合成酶(EgtB)和亚砜氧化酶(OvoA),是两种结构和功能相似的非血红素亚砜合成铁酶。EgtB能催化麦角硫因合成中关键的谷氨酰半胱氨酸(γGC)和N,N,N-三甲基组氨酸(TMH)的碳-硫氧化成键反应。麦角硫因是一种良好的天然还原剂,具有清除自由基,解毒,维持DNA的生物合成,细胞的正常生长及细胞免疫等多种生理功能,因此在合成化学和生命科学中受到广泛关注。

 

 

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为了探明EgtB催化反应机理,前人已经开展了大量的实验和理论研究,包括蛋白质晶体学,稳态动力学,引入非天然氨基酸探针以及计算模拟。但是,EgtB催化机理仍不清楚甚至具有争议性。基于密度泛函理论(DFT)计算以及量子力学/分子力学组合方法计算,前期的理论模拟研究提出了两种截然不同的机理,包括(a)先碳-硫成键,再硫氧化;以及(b)先硫氧化再碳-硫成键。但是两种机理都不能很好解释实验。比如(a)机理中Y377可以给Fe(III)-O2-提供氢原子生成自由基中间体,但没有任何实验证据支持Y377作为氧化还原残基参与反应。另外反应中底物的氢转移参与速控步,和实验上同位素接近1相矛盾。在(b)机理中,反应生成了R-手性的产物,和实验矛盾。另外在route II中Y377甚至不参与催化反应,和突变实验矛盾。

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为了阐明EgtB催化机理,厦门大学王斌举团队采用了分子动力学和QM/MM模拟。和前期DFT模型计算结果一致,QM/MM计算表明超氧物种进攻硫,然后发生氧-氧键断裂最有利(1→2),反应生成Fe(III)=O物种以及底物硫氧自由基。相比于传统非血红素酶中的Fe(IV)=O物种,Fe(III)=O具有更强的碱性,因此其很容易在Y94和Y93的协助下夺取底物TMH的N-H上的质子,生成Fe(III)-OH物种以及TMH阴离子中间体(2→3)。接着,QM/MM计算发现直接的碳-硫成键能垒很高,而最有利的路径是底物γGC上硫/氧配位的交换(3→4)。而这一配位交换的驱动力是带正电的硫和带负电的TMH咪唑形成强的S/π非键相互作用。接下来碳-硫成键伴随底物TMH的氢转移到Fe(III)-OH很有利,该反应步不再成为反应的决速步(4→5)。

该理论研究解析了EgtB中长期争议的机理问题,支持保守残基Y94在反应中作为酸-碱催化剂参与底物TMH的脱质子,并且发现催化过程中关键的硫/氧配位交换可以有效缩短碳-硫的距离,削弱铁-硫键,以及提高了硫的自旋密度,这些协同效应有效降低了碳-硫成键能垒以及很好控制了反应的立体选择性。该理论工作与目前所有已知的实验相吻合,包括化学选择性,立体选择性,同位素效应等,为很多非血红素铁酶的机理研究提供借鉴。

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文信息

Coordination Switch Drives Selective C−S Bond Formation by the Non-Heme Sulfoxide Synthases

Peng Wu, Yang Gu, Langxing Liao, Yanfei Wu, Jiaoyu Jin, Zhanfeng Wang, Jiahai Zhou, Sason Shaik, Binju Wang

Angewandte Chemie International Edition

DOI: 10.1002/anie.202214235

 

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